Waldkraiburg ist eine von fünf bayerischen Vertriebenen­städten und entstand erst nach dem Zweiten Weltkrieg.
Im südwestlich von Mühldorf am Inn gelegenen Waldgebiet Mühldorfer Hart entstand beim Bau der Bahnstrecke Rosenheim–Mühldorf 1876 ein Bahnhof für den etwa drei Kilometer südlich der Bahnstrecke auf der gegenüber­liegenden Seite des Inns gelegenen Ort Kraiburg am Inn.

Aufgrund der einsamen und durch das Waldgebiet getarnten Lage mit dennoch günstiger Verkehrs­anbindung begann das Rüstungs­unternehmen Deutsche Sprengchemie GmbH (DSC) 1938 damit, das so genannte Werk Kraiburg zu errichten. Ab 1940 wurde dort hauptsächlich Pol-Pulver (Pulver ohne Lösungsmittel) hergestellt. 2500 Arbeiter, zum großen Teil Zwangsarbeiter, waren bis zum Kriegsende 1945 in dem auf rund 500 einzelnen getarnten Bunkern verteilten Werk beschäftigt. Ein weiteres Werk der Rüstungs­industrie bestand seit 1938 im Nachbarort Aschau am Inn und produzierte mit Zellulose­nitrat einen wichtigen Rohstoff für das Werk Kraiburg.

Nach 1946 siedelten sich im weitläufigen, nun verlassenen und teilweise zerstörten Fabrikgelände Heimat­vertriebene aus Ost- und Südosteuropa an und bauten Betriebe und Wohnhäuser auf. In der Anfangszeit gab es das aus Baracken bestehende Flüchtlingslager Pürten; nach der Vertreibung aus dem Egerland brachten Bahntransporte viele Sudeten­deutsche dorthin. Zu den zuerst gegründeten Unternehmen gehörten eine Glashütte und Glasveredelungs­betriebe, in denen Facharbeiter aus Nordböhmen ihre Kenntnisse einsetzten.